Jaren ’90
In 1990 werd de single Daar gaat ze een groot succes in België en Nederland. Daarna volgden meer hits. Kort voor het tweede album Ofzo (september 1990) verliet gitarist Tjenne Berghmans de band, en in 1991 vertrok bassist Karel Theys. De groep bestond daarna uit Bob Savenberg en de broers Koen en Kris Wauters. Clouseau vertegenwoordigde België op het Eurovisiesongfestival in 1991, maar eindigde slechts 16e. Het Engelstalige album Close Encounters bracht ook geen Europese doorbraak. In 1992 volgde het album Doorgaan en een tour met Roxette. Het tweede Engelstalige album In Every Small Town werd in Los Angeles opgenomen.
In 1995 brak Clouseau door met het album Oker, dat acht weken nummer 1 stond in Nederland en zes keer platina kreeg in België. De singles Laat me nu toch niet alleen en Passie werden grote hits. In 1996 verliet Bob Savenberg de band. Het album Adrenaline kwam uit, gevolgd door een grote tour.
In 1999 kwam In Stereo uit, en Clouseau ging op tour. Een live-album volgde in 2000. Het album En Dans (2001) klom naar de top van de Vlaamse hitlijsten, maar het succes in Nederland nam af.
Jaren 2000
Vanaf 2000 gaf Clouseau jaarlijks concerten in het Sportpaleis in Antwerpen, een traditie die groeide. In 2002 gaven ze negen concerten, in 2003 en 2004 veertien, en in 2007 zelfs achttien. Deze concerten werden op dvd uitgebracht. De band bleef ook toeren door theaters. Het album Vanbinnen (2004) was een groot succes in België.
In 2005 had de single Ik zie de hemel uit succes, en Clouseau trad op tijdens Koninginnedag in Amsterdam. In 2006 kwam de single Vonken & vuur uit, die een grote hit werd in België. Het album Vonken & vuur kwam uit in 2007, en in datzelfde jaar vierde Clouseau haar 20-jarig bestaan met een tribute-album.
In 2007 stond Clouseau 32 keer in de Top 2000 en hun verzamelalbum Clouseau 20 werd het best verkochte album van 2008. Het album Zij aan zij kwam uit in 2009, en in 2010 kondigden de broers Wauters een pauze aan na hun Sportpaleis-concerten.
Jaren 2010 en verder
Na drie jaar afwezigheid keerde Clouseau in 2013 terug met een nieuw album, Clouseau. De single Vliegtuig stond meteen op nummer 1 in Vlaanderen. In 2015 traden de broers Wauters op met De Toppers in Amsterdam. In 2016 volgde het album Clouseau danst.
In 2017 deden ze mee aan het derde seizoen van Liefde voor Muziek, en vier verzamelalbums markeerden hun 30-jarig jubileum. In 2019 kwam het album Tweesprong uit, gevolgd door Jonge wolven in 2022. In 2023 verraste Clouseau met een optreden op Pukkelpop, waar ze zich voordeden als het Finse popduo Tarkastaja.